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短程分子蒸餾器是在遠低于沸點(diǎn)的溫度下進(jìn)行操作的
短程分子蒸餾器在特定的溫度下運行其壓力越低所產(chǎn)生的氣體分子的平均自由的程度就會(huì )越大，分子蒸餾的蒸發(fā)空間的壓力低的時(shí)候其冷凝表面就會(huì )靠近蒸發(fā)的表面。從蒸發(fā)表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子進(jìn)行碰撞，設備可以直接符合其冷凝表面而冷凝，設備中分子蒸餾是一種特定的液，不同于傳統的蒸餾依靠其沸點(diǎn)差來(lái)分離。
短程分子蒸餾器運行的過(guò)程中其液體混合物會(huì )沿著(zhù)加熱板的流動(dòng)被加熱，由于其輕重分子的自由程度不同，所以其不同物質(zhì)的分子從液面逸出后移動(dòng)距離不同。要是能恰當的設置在一塊冷凝板上，其輕分子符合冷凝板被冷凝排除，這樣重分子達不到冷凝板沿著(zhù)混合排出，這樣可以在一些情況下實(shí)現其物質(zhì)分離的目的。
短程分子蒸餾器得溫度越低其分子蒸餾是在遠低于沸點(diǎn)的溫度下進(jìn)行操作，只要存在溫度差就可以 符合其分離的目的，這就是常規蒸餾和分子蒸餾的本質(zhì)的區別。它的真空度比較高，其里面可以獲得比較高的真空度，通常情況下分子蒸餾在低的壓強下進(jìn)行操作，所以物料是不易氧化受損的，物料受熱時(shí)間短，在蒸餾溫度下停留時(shí)間一般。